El 20 de septiembre de 1968 el padre Pío cumplió 50 años de sufrir los estigmas, celebrando una misa multitudinaria. Sus fieles colocaron alrededor del altar cincuenta grandes macetas con rosas rojas, por sus cincuenta años de sangre.
Tres días después, el 23 de septiembre de 1968, el padre Pío falleció a los 81 años. Su funeral fue tan multitudinario que hubo que esperar cuatro días para que la multitud de personas pasara a despedirse. Se calcula que hubo más de 100 000 participantes en el entierro
Tiempo antes de morir ―bajo control médico que le impedía tener privacidad―, los estigmas que había padecido los últimos 50 años cicatrizaron. Cuando le quitaron los guantes prácticamente no quedaban marcas de ellos.
En noviembre de 1969 comenzaron los preliminares de la causa de beatificación del padre Pío. El 18 de diciembre de 1997, el papa Juan Pablo II lo declaró venerable. El 2 de mayo de 1999, el mismo papa lo beatificó, y el 16 de junio de 2002, lo canonizó bajo el nombre de san Pío de Pietrelcina